Bei wiederholten diagnostischen und therapeutischen Endoskopien können Erreger nosokomialer Infektionen durch das Endoskop eingebracht werden, wenn sich nach dessen Einsatz keine sichere Aufbereitung anschließt. Aber auch ordnungsgemäß aufbereitete Endoskope können über das Personal, die Umgebung oder vom Patienten kontaminiert und zu einer Kontaminationsquelle werden.