Eine Biopsie tieferer Gewebeschichten kann durch die Haut (transkutan) oder unter Anlage eines kleinen Hautschnitts (z.B. bei weitlumigen Biopsienadeln) gemacht werden. Vor dem Einführen der Biosienadel wird die Haut desinfiziert und ggf. eine Lokalanästhesie gesetzt.
Die Biopsienadeln werden entweder palpatorisch, d.h. ohne Sichtkontrolle ("blind") eingebracht oder unter Sichtkontrolle mit bildgebenden Verfahren.