Die Therapie eines Pilonidalsinus ist immer operativ. Liegt ein hochakuter Abszess vor, kann dieser vor einer Operation durch Stichinzision entlastet und nach Rückgang der Entzündungszeichen elektiv operiert werden.
Bei der Operation sollte eine umfassende Exzision der Fistelgänge und des umliegenden Gewebes vorgenommen werden. Zur besseren Darstellung der Fistelgänge kann im Rahmen der Operation Methylenblau in die Fistelöffnung eingespritzt werden. Dadurch werden kleinere Abzweigungen nicht übersehen.
Über das Vorgehen nach der Exzision bestehen divergierende Ansichten. Prinzipiell kann die Operationswunde primär durch Naht verschlossen werden oder aber offen einer sekundären Wundheilung zugeführt werden. Studien zeigen, dass das offene Vorgehen mit sekundärer Wundheilung zu weniger Rezidiven führt. Jedoch dauert die sekundäre Wundheilung ca. 6-8 Wochen, in der eine regelmäßige Wundbehandlung erforderlich ist.
Erfolgt ein primärer Wundverschluss, ist die postoperative Behandlung unkomplizierter, Rezidive jedoch häufiger. Der Rezidivneigung kann wahrscheinlich am besten mit suffizienter Exzision, maximal steriler Vorgehensweise beim Wundverschluss und großzügiger perioperativer Antibiotikagabe vorgebeugt werden, wobei das erhöhte Rezidivrisiko jedoch immer noch besteht.