Bei der Endophthalmitis kommt es zu starken, meist dumpfen Schmerzen im Auge und einer massiven Sehverschlechterung mit Photophobie. Zu den weiteren Symptomen zählen:
Im Gegensatz zur Panophthalmitis sind bei der Endophtalmitis nur die Innenräume des Auges, nicht aber die Augenhülle betroffen.