Die genaue Ursachenkaskade bei der Entstehung einer Analfissur ist noch nicht völllig geklärt. Wahrscheinlich handelt es sich um ein komplexes Geschehen, auf das u.a. folgende Faktoren Einfluss haben:
Ergänzende Risikofaktoren sind Hämorrhoiden, Lebensstil ("sitzende Tätigkeit") und sexuelle Gewohnheiten (Analverkehr).
Chronische Diarrhoen, wie sie z.B. bei Malabsorptionssyndromen oder Laktoseintoleranz auftreten, können Analfissuren begünstigen.