Beispiel eines Cre/loxP-System: Kreuzungsschema:
Soll beispielsweise die Rolle des Tumorsuppressors BRCA1 bei Brustkrebs an einem Mausmodell genauer untersucht werden, werden die essentiellen Exons dieses Gens mit loxP-Erkennungssequenzen flankiert. Theoretisch könnte auch das gesamte Gen deletiert werden, in der Praxis wird das Cre/loxP-System aber ineffizienter, je weiter die loxP-Sites voneinander entfernt sind. Bei BRCA1 wird oftmals das Exon 11 mit Erkennungssequenzen umgeben (umgangssprachlich "gefloxt"). Diese Sequenzen werden meist in den Intronbereichen des Gens platziert.
Das durch die Deletion verkürzte Protein ist nicht mehr funktionsfähig. Oftmals werden diese verkürzten Proteine durch zelluläre Qualitätskontrollmechanismen sofort abgebaut. Diese Allelvarianten werden analog wie bei der Erzeugung von Knockout-Mäusen in ES-Zellen durch Vektoren eingebracht. Die Cre-Rekombinase wird meist durch eine zweite Mauslinie mittels Verpaarung bereitgestellt. Durch Kombination mit dem WAP-Promotor, einem Gen, welches fast ausschließlich in den Epithelialzellen der Milchdrüsen hergestellt wird, findet eine Aktivierung der Rekombinase nur im Brustgewebe statt. Je nach Fragestellung müssen beide Mausstämme so gekreuzt werden, dass nur ein oder beide Allele gefloxt sind.
