Unter der Darmflora versteht man die Gesamtheit der vor allem im Dickdarm angesiedelten Mikroorganismen. Es handelt sich dabei in erster Linie um Bakterien der Gruppen Escherichia coli (E.coli), Enterokokkus, Bacillus und Bacteroides. Unter pathologischen Bedingungen kann diese Besiedlung zu Gunsten einzelner Erreger verschoben werden, so dass eine Dysbakterie (Ungleichgewicht in der Anzahl) vorliegt. Eindrucksvollstes Beispiel hierfür ist die durch Antibiotikagabe hervorgerufene pseudomembranöse Colitis, bei welcher der komplette Dickdarm von Clostridium difficile überwuchert wird.
