Das Bild zeigt die Funktionsweise des "FACSens". Die Flüssigkeitssäule enthält einen kontinuierlichen Strom einzelner Zellen, in der Regel Blutzellen, aber auch andere Zellsuspensionen sind denkbar. Durch hochfrequente Vibration wird der Flüssigkeitsstrom in Tropfen aufgelöst. In dem Moment, in dem der Tropfen abreisst, wird er elektrisch aufgeladen, abhängig davon, ob er eine der gesuchten Zellpopulationen (hier symbolisch als rote oder grüne Tropfen dargestellt) enthält. Beim Flug durch das elektrische Feld werden elektrisch geladene Tropfen abgelenkt, ähnlich wie bei einer Kathodenstrahlröhre. Dadurch landen die gesuchten, fluoreszenzmarkierten Zellen in den jeweiligen Sammelgefäßen. Nicht dargestellt ist der analytische Teil, bei dem die Fluoreszenz jeder Zelle durch einen Laserstrahl geeigneter Wellenlänge angeregt und durch Filter und Photomultiplier detektiert wird.
