Sólo los quistes sintomáticos o complicados (hemorragia, infección, rotura, desplazamiento o compresión del sistema de conductos biliares u otros órganos) deben ser tratados. El método más simple es la punción guiada por TC del contenido del quiste, posiblemente, con la consiguiente destrucción del quiste con Ethoxysklerol o alcohol. Por desgracia, la tasa de recurrencia de este método es muy alta (hasta 50%).
La extirpación quirúrgica de la cubierta del quiste es mucho más eficaz. Se llevó a cabo de 1991, la primer cirugía mínimamente invasiva (laparoscopia). En la cirugía mínimamente invasiva se quita el techo del quiste (después de que el quiste se ha vaciado de su contenido) a través de tres pequeñas incisiones (umbilical y el abdomen medio / superior). La cavidad restante se cubre entonces con epiplón majus, que se cose hasta el borde del quiste. Esto evita la formación de un nuevo quiste. En comparación con el procedimiento de intervención (pinchazo y la escleroterapia) los resultados en la cirugía mínimamente invasiva tienen una tasa de recaída mucho menor (11%).
