Solo le cisti sintomatiche o complicate (emorragia, infezione, rottura, spostamento o compressione del sistema dei dotti biliari o di altri organi) devono essere trattate. Il metodo più semplice è l'aspirazione TC-guidata del contenuto delle cisti, possibilmente con conseguente obliterazione della cisti con Ethoxysklerol o alcool. Purtroppo il tasso di recidiva con questo metodo è molto elevato (fino al 50%).
La rimozione chirurgica del tetto della cisti invece è molto più efficace. Nel 1991 è stato eseguito il primo intervento mini-invasivo (laparoscopia). Nella chirurgia mini-invasiva il tetto della cisti viene rimosso (successivamente la cisti viene stata svuotata dei suoi contenuti) attraverso tre piccole incisioni (ombelicale e medio/superiore dell'addome). La cavità rimanente viene poi coperta con il grande omento, che viene cucito al bordo della cisti. Ciò impedisce la formazione di una nuova cisti. Rispetto alla procedura interventistica (puntura e scleroterapia) i risultati della chirurgia mini-invasiva hanno un tasso di recidiva molto più bassa (11%).
